مطابق با قواعد و آیین داوری مرکز داوری و آیین نامه هزینه های مرکز، هزینه های داوری شامل حق الزحمه داور و هزینه های اداری است و بر اساس خواسته خواهان محاسبه می گردد. پرداخت هزینه های داوری به تساوی بر عهده خواهان و خوانده است، مگر در مواردی که طرفین طور دیگری توافق کرده باشند. در صورت استنکاف یکی از طرفین از پرداخت هزینه های داوری، طرف دیگر جهت جلوگیری از توقف پرونده، سهم طرف مستنکف را نیز پرداخت می نماید.
طبق قانون مالیات بر ارزش افزوده، از آنجایی که اشخاص حقوقی موظف به دریافت مالیات بر ارزش افزوده مربوط به خدمات ارائه شده می باشند، دریافت کنندگان خدمات از مرکز داوری مشمول پرداخت مالیات بر ارزش افزوده می گردند که این هزینه در هزینه های داوری اعلامی لحاظ می گردد.